プレビューとランタイムでの再生が異なる問題

Spineのエディタ上でトラックを複数用いて、プレビューでアニメーションを確認します。
同様にランタイム側（私の場合はUnity)でトラックを重ねて再生したところ、微妙にアニメーションが異なってしまいました。

これは、ExportのときにAnimation clean upを選択して不要なキーを削除していたからでした。
トラックの重ね方があまり正しくないのだと思うのですが、以下のような状況です。

トラック1: ボーンAを90度曲げる
トラック2: ボーンAをデフォルトの角度に上書きする

デフォルトの角度のキーはAnimation clean up で削除されてしまうので、トラック2で上書けなかったということです。
Animation clean upの挙動的にも正しく、私の作り方に問題があったと思います。

ちなみにExport時でなくとも、該当のアニメーションを選択した状態でツリービューの下にあるclean upボタンを押すとどのキーが消されるかは確認できます。